Medaka Kurokami wydaje się niemożliwie doskonała. Jest nie tylko jedną z najlepszych w swojej klasie w większości dziedzin akademickich i sportowych, ale jest również piękna, słodka i opiekuńcza, więc nikt nie jest szczególnie zaskoczony, gdy jednym z jej pierwszych działań jako nowo wybranej przewodniczącej samorządu uczniowskiego jest stworzenie skrzynki z sugestiami dla dziwnych problemów, którymi należy się zająć.
Nikt jednak nie spodziewa się, że zgłoszenia do pudełka zaczną ujawniać dowody złowrogiego spisku... taki, który jest bezpośrednio wymierzony w uczniów Akademii Hakoniwa! Podczas gdy to, co wydawało się prostym sposobem na pomaganie innym, wciąż ujawnia nowe i szokujące rewelacje, Medaka, jej samozwańczy obrońca Zenkichi i ich rekruci nie mają innego wyjścia: nadszedł czas, aby zacząć wymierzać poważne ciosy w ostatecznym battle royale zatwierdzonym przez Radę Studencką!