Przeciętny nastolatek, Peter Parker (Tobey Maguire) przeistacza się w superbohatera pod wpływem ukąszenia przez radioaktywnego pająka. Kiedy jego ukochany wuj zostaje brutalnie zamordowany przez włamywaczy, Peter przysięga sobie, że użyje swoich niezwykłych sił, aby pomścić jego śmierć. Znany odtąd jako "Spider-Man", Peter rozpoczyna walkę ze zbrodnią, co prowadzi do nieuchronnego konfliktu ze złowrogim Zielonym Goblinem (Willem Dafoe).
Tobey Maguire powraca jako układny i łagodny Peter Parker, który zdecydował się przyjąć na siebie obowiązki Spider-Mana, Człowieka-Pająka o nadzwyczajnych umiejętnościach. Jest to zarówno dar jak i przekleństwo Petera. Prowadzenie podwójnego życia ma destrukcyjny wpływ na jego prywatne relacje z najbliższymi. Chce nawet porzucić maskę super bohatera i wyznać miłość swej ukochanej Mary Jane (Kirsten Dunst). Czeka go jednak kolejne wyzwanie. Musi stawić czoła demonicznemu Dr Otto Octopusowi (Alfred Molina), który zagraża miastu.
W filmie "Spider-Man 3", Peter Parker (Tobey Maguire) ostatecznie odnalazł równowagę pomiędzy swoimi uczuciami do M.J. (Kirsten Dunst), a obowiązkami super bohatera. Na horyzoncie gromadzą się jednak czarne chmury. Kiedy kostium Parkera nagle zmienia kolor na czarny, a jego moc staje się jeszcze większa, metamorfozie ulega również sam człowiek-pająk. Ujawnia się mroczna osobowość Spider-Mana. Na skutek nieujarzmionej pychy, Peter zaczyna zaniedbywać ludzi, na których zależy mu najbardziej. Co gorsza, nie ma czasu na namysły, bowiem miastu i jego najbliższym zagraża nie jeden, a dwa wyjątkowo złośliwe czarne charaktery, Sandman (Thomas Haden Church) i Venom (Topher Grace). Zmuszony do dokonania wyboru między kuszącą mocą nowego kostiumu, a dawnym życiem, Parker musi odnaleźć w sobie prawdziwego bohatera, pokonać wrogów i własne demony.