Kiedy Subaru udaje się do lokalnego obserwatorium, aby przygotować się na nadchodzący deszcz meteorów, okazuje się, że widzi znacznie więcej gwiazd, niż się spodziewała. Zamiast symulowanego oglądania zjawisk astronomicznych, zostaje zwerbowana do wzięcia udziału w fantastycznej przygodzie z tajemniczym młodym mężczyzną, dziwacznym obcym stworzeniem i grupą dziewcząt ubranych w urocze, magiczne stroje. Wraz z innymi dziewczynami (które nagle i dziwnie stają się członkiniami szkoły Subaru), Subaru staje się częścią tajnej akcji mającej na celu odzyskanie fragmentów statku kosmicznego obcych! Jednak fragmenty są rozrzucone po całym wszechświecie. Czas jest ograniczony, a dziewczyny muszą stawić czoła nemezis, który stara się zebrać wszystkie części dla siebie! Wyścig kosmiczny trwa, a niebo nie jest już granicą, ponieważ legendarne studio animacji GAINAX kieruje oczy Subaru na gwiazdy w WISH UPON THE PLEIADES!